9 марта 2004 г. Указом Президента Российской Федерации Министерство путей сообщения было упразднено. В этот же день было образовано Министерство транспорта и связи, в мае 2004 г. преобразованное в Министерство транспорта, на которое возложили выработку государственной политики и нормативно-правовое регулирование в сфере всех видов транспорта: гражданской авиации, морского, внутреннего водного, железнодорожного, автомобильного, городского электрического и промышленного транспорта, дорожного хозяйства.

Новое Министерство транспорта было образовано на базе прежнего Министерства транспорта, которое существовало до 9 мая 2004 г., поэтому было принято решение сохранить флаг, утвержденный для Министерства транспорта постановлением Правительства РФ от 19 июля 2002 г. № 545 «Об учреждении эмблемы и флага Министерства транспорта Российской Федерации».

Флаг Министерства транспорта представляет собой прямоугольное полотнище голубого цвета. В крыже расположено изображение Государственного флага Российской Федерации. В правой нижней части полотна – цветное изображение эмблемы Министерства транспорта: золотого, увенчанного тремя объединенными лентой коронами двуглавого орла, поддерживающего лапами расположенный на его груди круглый щит в виде голубого земного шара с золотистыми параллелями и меридианами, наложенной на него серебряной розой ветров, с двух сторон которой изображены крылья.