15 августа 1980 г. Президиум Верховного совета СССР принял указ, который разрешал государственным и общественным организациям и должностным лицам иметь флаги и вымпелы, являющиеся их символами. Министерство путей сообщения в советское время не воспользовалось этим правом. В соответствии с Положением о Государственном флаге СССР на зданиях МПС в дни государственных праздников поднимали Государственный флаг СССР.

После распада СССР Указом Президента Российской Федерации в 1993 г. бело-сине-красный флаг был объявлен государственным флагом. В 2000 г. был принят Федеральный конституционный закон, устанавливающий бело-сине-красный флаг в качестве Государственного флага Российской Федерации.

При подготовке к празднованию 130-летия образования МПС руководство министерства обратилось к Правительству Российской Федерации с предложением об установлении флага Министерства путей сообщения.

10 июля 1995 г. Правительство Российской Федерации приняло соответствующее постановление № 695 и поручило МПС по согласовании с Государственной герольдией при Президенте Российской Федерации утвердить описание флага, его рисунок и Положение о нем. Для разработки рисунка флага МПС была создана специальная комиссия, которой поручили провести конкурс на лучший проект флага. На конкурсе победил проект, представленный главным редактором журнала «Железнодорожное дело» В.И. Волковым и его дочерью – художницей Е.В. Волковой.

27 июля 1995 г. министр путей сообщения Геннадий Матвеевич Фадеев своим приказом № 12 Ц утвердил Положение о флаге министерства, описание флага и его рисунок.

Флаг представлял собой прямоугольное полотнище белого цвета с отношением ширины флага к его длине 2:3. В верхней левой четверти полотна находилось изображение трехцветного Государственного флага Российской Федерации, а в правом нижнем углу – золотистого цвета эмблема железнодорожного транспорта в виде окрыленного колеса и расположенных под ним перекрещенных гаечного ключа и молотка.