1 марта 1881 г. на престол вступил император Александр III. После доклада министра путей сообщения К.Н. Посьета 2 апреля 1881 г. Александр III утвердил взамен прежнего флага, «Высочайше утвержденного 28 сентября 1870 г., новый флаг ведомства путей сообщения». Флаг представлял собой белое прямоугольное полотно, в левом углу (в крыже) которого находилось изображение бело-сине-красного флага, а в правой нижней части – перекрещенные топор и якорь.

Флаг ведомства путей сообщения надлежало поднимать на зданиях ведомства, станциях железных дорог в городах, парусных судах, шлюпках.

Кроме этого флага, который назывался «общим флагом», был установлен «постовой флаг», представлявший собой треугольник с закругленной вершиной. Две трети треугольника занимало изображение бело-сине-красного флага, а на одной трети на белом фоне были изображены перекрещенные топор и якорь.

17 марта 1914 г. по докладу морского министра император Николай II утвердил флаги для ряда должностных лиц ведомства путей сообщения: министра путей сообщения, товарища министра путей сообщения, начальника Управления внутренних водных путей и шоссейных дорог, начальника округа путей сообщения, управляющего отделом (или старшего инспектора) Управления водных путей и шоссейных дорог, помощника начальника округа путей сообщения и окружного инспектора судоходства. Эти флаги поднимались на судах Министерства путей сообщения в пределах рек и озер, находившихся в ведении министерства, если на судах присутствовали перечисленные лица.

Флаг министра путей сообщения представлял собой белое прямоугольное полотно с изображением топора и якоря синего цвета.

Флаг товарища министра путей сообщения отличался от флага министра тем, что наверху и внизу имелась кайма синего цвета.

На флаге начальника Управления внутренних водных путей и шоссейных дорог была кайма красного цвета.

Флаг начальника округа путей сообщения представлял собой прямоугольное полотнище белого цвета с треугольным вырезом в вольной части с изображением топора и якоря синего цвета.

Флаг управляющего отделом отличался от флага начальника округа каймой синего цвета, а флаг помощника начальника округа и окружного инспектора имел кайму красного цвета.