Появление первого флага ведомства путей сообщения связано с созданием особой команды для охраны купеческих судов, плававших по Волге и по впадающим в нее рекам: Оке, Суре, Каме и Вятке.

2 октября 1829 г. император Николай 1 утвердил положение о 2-м полубатальоне военно-рабочего батальона № 9, которому поручалась охрана купеческих судов. Полубатальону, состоявшему из трех рот, передали 18 судов. На каждом судне было установлено артиллерийское орудие. Данные суда назывались гардкоутами. Гардкоутская команда формировалась из служащих военно-морского ведомства. Всего в ее составе было 19 офицеров и 308 нижних чинов.

Особая команда была передана в ведение Главного управления путей сообщения и подчинялась начальнику 3-го округа путей сообщения, на территории которого располагалась. Для каждой роты был определен район плавания.

Начальнику округа поручалось с разрешения Главноуправляющего путями сообщения строить новые суда взамен пришедших в негодность «по вольному подряду» стоимостью не более 900 руб. за судно.

В связи с появлением в составе Главного управления путей сообщения целой флотилии вооруженных судов возник вопрос о флаге, который полагалось иметь каждому гражданскому или военному судну.

15 января 1830 г. император Николай I подписал указ «Его Королевскому Высочеству Главноуправляющему путями сообщения Герцогу Александру Виртембергскому» об утверждении флага для судов ведомства путей сообщения. Указ устанавливал для всех судов ведомства путей сообщения «флаг с изображением зеленого Андреевского креста на белом поле». Данный флаг поднимался на корме гардкоутов. Яхтам полагался такой же флаг, но меньшего размера.

Очевидно, выбор флага был связан с тем, что в это время большинство судов ведомства путей сообщения было военными, да и само ведомство находилось на военном положении. Торговые суда, принадлежавшие Российской империи, ходили под сине-бело-красным флагом, введенным императором Петром I.

Просуществовал флаг  в таком виде до 1870 г.

В 1864 г. Главное управления путей сообщения и публичных зданий получило статус гражданского ведомства, гардкоутский экипаж расформировали. Встал вопрос о новом флаге ведомства путей сообщения. Он был разработан на основе флага для торговых судов, введенного императором Петром I. 28 сентября 1870 г. император Александр II утвердил рисунок флага судов ведомства путей сообщения, а 6 ноября того же года министр путей сообщения В.А. Бобринский издал приказ    № 87, в котором объявлял «для сведения и надлежащего исполнения приказ генерал-адмирала от 10 октября 1870 г. с новым рисунком флага судов ведомства путей сообщения. Высочайше утвержденным в 28 день минувшего сентября».

Новый флаг представлял собой полотно из равновеликих белой, синей и красной полос. В левом углу белой полосы были расположенные крест-накрест топор и якорь.

Документов о размещении данного флага на зданиях Министерства путей сообщения не обнаружено. Возможно, для украшения домов министерства в торжественных случаях использовался флаг, рисунок которого император Александр II утвердил в 1858 г. – с тремя полосами одинакового размера: верхняя – черная, средняя – желтая (или золотая), нижняя – белая (или серебряная). Этот флаг появился в результате заключения генерала Языкова, которому было поручено исследование «О русском государственном цвете». Генерал Языков пришел к выводу, что «...наши национальные цвета: черный, оранжевый (золотой), белый (серебряный)». В указе императора Александра II, подписанном и переданном «Правительствующему Сенату» 1 января 1865 г., черный, оранжевый и белый цвета именовались государственными. Однако многие считали национальным флагом России бело-сине-красный флаг. Одним из ярых его сторонников был министр путей сообщения адмирал К.Н. Посьет.

Просуществовал этот флаг до 1881 г.